Il pene è una struttura cilindrica totalmente avvolta da cute costituita da una radice, che si trova compresa nel perineo, e di un corpo, che sporge pendulo all'esterno anteriore alla sinfisi pubica e allo scroto. La cute del pene è sottile e pigmentata, tanto da essere leggermente più scura del resto della cute del corpo, essa lo avvolge e lo ricopre formando a livello della corona del glande il prepuzio che ricopre il glande e mostra una struttura corrugata e pieghettata a livello del suo apice. Il prepuzio può non coprire completamente il glande. Lo strato cutaneo interno del prepuzio, di colore più chiaro (rosato) si fonde con la corona del glande. Posteriormente al corpo del pene una piega cutanea mediana dello strato cutaneo interno del prepuzio, il frenulo, si continua inferiormente con il rafe mediano della borsa scrotale sino nel perineo e di norma si rende sempre meno distinguibile, mentre superiormente è ben distinguibile e si attacca al glande terminando a livello dell'orifizio uretrale. A suoi lati è fiancheggiato da due lievi depressioni e al suo interno contiene una piccola arteria. Il glande è una struttura bulbare semiconica ricoperta dal prepuzio. La sua cute può andare dal rosato al violaceo, è piuttosto liscia e sulla faccia uretrale del pene è perforata dall'uretra che sbocca tramite l'orifizio uretrale, di forma ovale schiacciata e allungata. La cute del pene, sottile e lassa, è pigmentata come quella dello strato cutaneo esterno del prepuzio, vi si distinguono facilmente le vene dorsali superficiali del pene.
Al di sotto della cute la fascia superficiale del pene (dartos) lo ricopre, si tratta di uno strato di tessuto connettivo lasso in cui si infiltrano fibre muscolari del muscolo dartos. Sotto la fascia superficiale i corpi cavernosi e lo spongioso sono avvolti dalla fascia profonda di Buck, di tessuto connettivo denso che si fonde con i rivestimenti dei tre corpi. Il pene è sostenuto dal legamento fundiforme, una struttura fibrosa ricca di elastina derivante dall'ultimo tratto della linea alba e costituita da due foglietti che decorrono ai lati e sotto il pene dove si fondono e dal legamento sospensore triangolare che origina dai legamenti della sinfisi pubica e si inserisce lateralmente alla fascia superficiale del pene.